在《萌妖传》中，技能系统内容丰富，枝节庞大，神话传说中的各种神通秘技都可以在此学到。
主角技能分为主动技能和被动技能两大类：
主动技能
主动技能按照人物职业划分为四种：剑、笔、斧、枪，每种职业各有20种超炫技能。每次使用技能将消耗真气，真气不足将无法释放技能，普通攻击可恢复一定真气。使用技能会获得一定的魔神怒气值。
被动技能
被动技能可以提升人物各项属性。
技能学习
您可以在技能面板中点击“学习”学习新的技能，学习技能需要消耗阅历并使用“技能技能书”。技能学习的数量上限没有限制，但学习技能时有元神的限制。
技能设置
您可以在技能面板中拖拽已学技能至右方设置栏内使用技能，通过调整设置栏中的技能顺序可以设置战斗中技能的触发顺序。
伙伴技能
伙伴技能分为：绝技技能、主动技能、被动技能
1、绝技技能：特殊伙伴才天生拥有绝技，不可更改。主要通过客栈招募伙伴直接获得
2、主动技能：根据伙伴类型，可学习2种不同的主动技能，主要通过商城购买、副本闯关等途径获得。
3、被动技能：任意类型伙伴，可学习3种不同的被动技能，主要通过商城购买、副本闯关等途径获得
魔神技能
魔神技能可同时兼顾主角和伙伴技能的属性。特殊魔神还用于特殊的必杀招式。
魔神每次使用技能需要累计蓄力点，主角触发招式后魔神将获得相应点数的蓄力，蓄力点累计满时魔神将触发技能
