副本模式可以选择多种副本进行战斗，多人副本难度较大可由多人合作完成，但不同的副本有不同的等级限制，只有达到规定等级才能进入。目前开放的副本有：魔蚁之巢、小鸡快跑、啵咕王城、邪神部落、黑暗堡垒、龙巢之战、啵咕运动会、时空漩涡、勇士竞技场。
副本模式中每一个副本都有不同的难度。在不同的难度下，怪物的血量、防御、攻击等各种属性都不一样，难度越高，怪物越强，而在不同难度下能够获得的各种奖励也会有所不同，通过英雄难度副本有机会获得各种神器或神器碎片奖励。
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